Titelaufnahme

Titel
Characterisation of HLA haplotypes by short tandem repeat polymorphisms
Weitere Titel
Charakterisierung von HLA Haplotypen durch Short Tandem Repeat Polymorphismen
VerfasserDauber, Eva-Maria
Begutachter / BegutachterinMayr, Wolfgang
ErschienenWien, 2016
Umfang126 Blatt
HochschulschriftMedizinische Universität Wien, Univ., Dissertation, 2016
Anmerkung
Arbeit an der Bibliothek noch nicht eingelangt - Daten nicht geprüft
Abweichender Titel laut Übersetzung der Verfasserin/des Verfassers
Quelle der Aufnahme
Auch erschienen in folgenden Journalen: Forensic Science International Genetics 2015, 14: 168-173 und Electrophoresis 2016, 37: 849-859
SpracheEnglisch
DokumenttypDissertation
Schlagwörter (DE)Short Tandem Repeats / Sequenzstruktur / Nomenklatur / Populationsstudie / HLA / Haplotyp / HLA STR / Kopplungsungleichgewicht
Schlagwörter (EN)Short tandem repeats / Sequence structure / Nomenclature / Population study / HLA / Haplotype / HLA STR / Linkage disequilibrium
URNurn:nbn:at:at-ubmuw:1-8056 Persistent Identifier (URN)
Zugriffsbeschränkung
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Characterisation of HLA haplotypes by short tandem repeat polymorphisms [15.8 mb]
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

In dieser Abschlussarbeit wurde eine standardisierte, sequenz-basierte Nomenklatur für acht Short Tandem Repeat (STR) Loci etabliert, welche die gesamte HLA Klasse I, II und III Region von HLA-A bis HLA-DRB1 abdecken: D6S2972, D6S2906, D6S2691, D6S2678, D6S2792, D6S2789, D6S273, DQIV. Frei verfügbare DNA Referenzproben wurden für die Konstruktion allelischer Leitern sequenziert. Ihre Verwendung ermöglicht einheitliche Allelbezeichnungen und Vergleich von Genotypisierungsdaten in einer Auflösung von einem Basenpaar über verschiedene Geräteplattformen und Laboratorien hinweg. Diese HLA STR Loci können für die Kartierung von Rekombinationsstellen, für die Charakterisierung von chromosomalen Crossing-over Ereignissen, für Krankheitsassoziationsstudien, für die Identitätstestung von Menschen und für die Auswahl von hämatopoietischen Stammzellspendern verwendet werden. Die standardisierte Genotypisierung dieser acht HLA STR Loci wurde angewendet, um 150 Familien mit 600 Mitgliedern mit bekanntem HLA-A,-B,-C,DRB1 Typ zu untersuchen. 576 Haplotypen mit Allelen von vier HLA und acht HLA STR Loci wurden aus der Phaseninformation abgeleitet. Die Koppelungsungleichgewichte von Allelen und Haplotypen von HLA und STR Loci wurden berechnet, um eine mögliche Vorhersagbarkeit von HLA Phänotypen durch STR Genotypen zu untersuchen. Zahlreiche signifikante positive Koppelungsungleichgewichte wurden gefunden. Haplotypen zweier flankierender STR Loci wiesen mehr Koppelungsungleichgewichte mit HLA Allelen und Zwei-Locus HLA Haplotypen auf als die individuellen STR Loci. Der Großteil der Drei- und Vier-Locus HLA Haplotypen war im Koppelungsungleichgewicht mit Haplotypen aus drei bis acht ihrer flankierenden HLA Loci. Darunter waren zahlreiche HLA Haplotypen, die eindeutig vorhergesagt wurden. Durch Genotypisierung von acht oder der vier informativsten STR Loci (der “Kern- Loci” D6S2972, D6S2678, D6S2792 and DQIV) wurden alle HLA identen und nicht-identen Geschwister in 138 Geschwisterpaaren identifiziert. Die Ergebnisse dieser Dissertation zeigen, dass die Analyse dieser HLA STR Loci die Definition von HLA-A,-B,-C,DRB1 Haplotypen ermöglichen und HLA idente von nicht-identen Geschwistern unterscheiden kann. Diese Resultate können für Strategien zur Verbesserung von heterogenen HLA Typisierungsdaten in Stammzellspenderregistern verwendet werden und um HLA idente Geschwister als Spender für die hämotopoietische Stammzelltransplantation zu identifizieren.

Zusammenfassung (Englisch)

In this thesis a standardised, sequence based nomenclature was established for eight short tandem repeat (STR) loci covering the entire HLA class I, II and III region from HLA-A to HLA-DRB1: D6S2972, D6S2906, D6S2691, D6S2678, D6S2792, D6S2789, D6S273, DQIV. Publicly available reference DNA samples were sequenced for construction of allelic ladders. Their use enables uniform allele designations and comparison of genotyping data in one base pair resolution across different instrument platforms and laboratories. These HLA STR loci can be used for recombination point mapping, characterisation of crossing over events, disease association studies, human identity testing and for selection of haematopoietic stem cell transplantation donors. Standardised genotyping of these eight HLA STR loci was applied to investigate 150 families with 600 members with known HLA-A,-B,-C,-DRB1 type. 576 haplotypes of alleles from four HLA and eight HLA STR loci were deduced from phase information. Linkage disequilibria (LD) of alleles and haplotypes of HLA and STR loci were calculated to investigate a possible prediction of HLA phenotypes by STR genotyping. Numerous significant, positive LD were found. Haplotypes of two flanking STR loci showed more LD with HLA alleles and two locus HLA haplotypes than their individual STR loci. The majority of three and four locus HLA haplotypes were in LD with haplotypes of three to eight of their flanking STR loci. Among those numerous HLA haplotypes were predicted in a clear-cut manner. By genotyping eight or the four most informative STR loci (the “core loci” D6S2972, D6S2678, D6S2792 and DQIV) all HLA identical and non-identical siblings in 138 pairs of siblings were detected. The results of this thesis demonstrate that analyzing these HLA STR loci can define HLA-A,-B,-C,DRB1 haplotypes and discriminate HLA identical from non-identical siblings. These findings can be applied for strategies to improve heterogeneous HLA typing data in stem cell donor registries and to identify HLA identical siblings as donors for haematopoietic stem cell transplantation.