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Bibliographic Metadata

Title
Parallel genome-wide screens identify synthetic viable interactions between the BLM helicase complex and Fanconi anemia / submitted by Martin Moder
Additional Titles
Parallele Genom-weite Screens identifizieren synthetisch lebensfähige Interaktionen zwischen dem BLM-Helikasekomplex und Fanconi Anämie
AuthorModer, Martin
Thesis advisorLoizou, Joanna
Published2018
Description88 Blatt : Illustrationen
Institutional NoteMedizinische Universität Wien, Dissertation, 2018
Annotation
Abweichender Titel laut Übersetzung der Verfasserin/des Verfassers
Date of SubmissionFebruary 2018
LanguageEnglish
Bibl. ReferenceOeBB
Document typeDissertation (PhD)
Keywords (DE)BLM / RMI1 / RMI1 / TOP3A / FANCC / Fanconi Anämie / MMC / Mitomycon C / synthetische Lebensfähigkeit / HAP1 / CRISPR screen / gene trap
Keywords (EN)BLM / RMI1 / RMI1 / TOP3A / FANCC / Fanconi anemia / interstrand crosslinks / MMC / Mitomycin C / synthetic rescue / synthetic viability / HAP1 / CRISPR screen / gene trap
URNurn:nbn:at:at-ubmuw:1-16583 Persistent Identifier (URN)
Restriction-Information
 The work is publicly available
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Parallel genome-wide screens identify synthetic viable interactions between the BLM helicase complex and Fanconi anemia [7.02 mb]
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Classification
Abstract (German)

Die kontinuierliche Reparatur von DNA Schäden ist die Voraussetzung für die Aufrechterhaltung der genomischen Integrität. Um mit den verschiedenen Arten von genetischen Läsionen umzugehen, entwickelten Zellen deshalb ein komplexes Netzwerk an DNA Reparatur Mechanismen. Defekte in diesen Mechanismen führen häufig zu Krankheiten die mit erhöhter Krebs-Anfälligkeit einhergehen, beispielsweise Fanconi Anämie (FA). Mithilfe einer Genom-weiten CRISPR funktionsverlust-Bibliothek, sowie Insertionsmutagenese, identifizierten wir synthetisch-lebensfähige Interaktionen in humanen haploiden Zellen, die einen Defekt in FA Komplementationsgruppe C (FANCC) tragen. Hier zeigen wir, dass der Phänotyp von FANCC Zellen durch den zusätzlichen Verlust des BLM Helikasekomplexes supprimiert werden kann. Wir demonstrieren, dass dieser synthetisch-lebensfähige Effekt nicht spezifisch für FANCC Zellen ist, indem wir diese Interaktion in Zellen bestätigen, die Defekte in FA Komplementationsgruppe I und D2 (FANCI und FANCD2) tragen. Diese Arbeit demonstriert, dass systematische Genom-weite Screens dazu geeignet sind, genetische synthetisch-lebensfähige Interaktionen für Defekte in der DNA Schadensreaktion zu identifizieren.

Abstract (English)

The continuous repair of DNA damage is a prerequisite for the maintenance of genome integrity. Therefore, cells have evolved a complex network of DNA damage repair mechanisms to deal with diverse forms of genomic lesions. Defects in those mechanisms frequently lead to diseases associated with cancer susceptibility, including Fanconi anemia (FA). Using a genome-wide CRISPR knock-out library as well as insertional mutagenesis, we identified synthetic viable (genetic suppressor) interactions in human haploid cells, deficient for FA complementation group C (FANCC). Here we show that the phenotype of FANCC cells can be suppressed by additional loss of the BLM helicase complex. We demonstrate that this synthetic viable effect is not specific to FANCC cells by confirming this interaction in cells deficient for FA complementation group I and D2 (FANCI and FANCD2) that function downstream of the FA core complex. This thesis demonstrates that systematic genome-wide screens can be used to identify genetic synthetic viable interactions for defects in the DNA damage response.

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