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Bibliographic Metadata

Title
Datenaufbereitung zur Standardisierung österreichischer Abrechnungsdaten in Arzneimittelsicherheitsstudien unter Anwendung des OMOP Common Data Models / eingereicht von Andrea Haberson
Additional Titles
Data preparation for the standardization of Austrian Health Claims Data in pharmaceutical Drug Safety Study using the OMOP Common Data Model
AuthorHaberson, Andrea
Thesis advisorGall, Walter
Published2018
Description93 Blatt : Illustrationen
Institutional NoteMedizinische Universität Wien, Masterarb., 2018
Annotation
Abweichender Titel laut Übersetzung der Verfasserin/des Verfassers
Date of SubmissionAugust 2018
LanguageGerman
Document typeMaster Thesis
Keywords (DE)Sekundäre Datennutzung / Standardisierung österreichischer Abrechnungsdaten / Arzneimittelsicherheitsstudien / gemeinsames Datenmodell / OMOP
Keywords (EN)Secondary use / standardization of Austrian Health Claims Data / pharmaceutical Drug Safety Study / standardized health data / common data model / OMOP
URNurn:nbn:at:at-ubmuw:1-16895 Persistent Identifier (URN)
Restriction-Information
 The work is publicly available
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Datenaufbereitung zur Standardisierung österreichischer Abrechnungsdaten in Arzneimittelsicherheitsstudien unter Anwendung des OMOP Common Data Models [7.39 mb]
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Abstract (German)

Hintergrund Im Bereich der Pharmakovigilanzstudien hat die gemeinsame Analyse verschiedener Gesundheitsdatenbanken an Bedeutung gewonnen. Die Standardisierung der Daten mittels eines gemeinsamen Datenmodells stellt syntaktische und semantische Interoperabilität sicher, wodurch Studien vergleichbar und entwickelte Analysemethoden wiederverwendbar werden. Das Observational Medical Outcomes Partnership Common Data Model (OMOP CDM) ist ein patientenzentriertes, standardisiertes gemeinsames Datenmodell, welches eine umfangreiche standardisierte Terminologie (CDM Vokabular) bietet und von der internationalen, interdisziplinären Community, der Observational Health Data Sciences and Informatics (OHDSI), weiterentwickelt wird. Die vorliegende Masterarbeit widmet sich der Fragestellung, ob österreichische Gesundheitsdaten mittels des OMOP CDM standardisiert werden können.

Methoden Im Rahmen einer Arzneimittelsicherheitsstudie, welche sich mit der Medikation geriatrischer Personen im österreichischen Gesundheitswesen beschäftigt, wird untersucht, ob alle relevanten Daten für eine Transformation in OMOP aufbereitet werden können und eine allgemeine Anleitung für die Datenaufbereitung zur Standardisierung von Datenquellen mittels des OMOP CDM abgeleitet werden kann. Da Änderungen des Kollektivs häufig vorkommen können und eine erneute Datenaufbereitung erfordern wird die studienspezifische Datenaufbereitung mittels Automatisierung optimiert.

Ergebnisse Es konnte eine allgemeine Anleitung für die Aufbereitung des CDM Vokabulars für die Transformation lokaler Datenquellen in das OMOP CDM erstellt und anhand relevanter Daten einer Arzneimittelsicherheitsstudie demonstriert werden. Die studienspezifische Datenaufbereitung, konnte mit dem Programm „make“ soweit automatisiert werden, dass in einem Schema mit einem einzelnen Befehl bestehende Tabellen gelöscht, neue erstellt und bereinigte Daten integriert werden.

Schlussfolgerung Die OMOP-konforme Standardisierung österreichischer Abrechnungsdaten ist ein sehr zeit- und ressourcenintensiver Prozess, stellt jedoch einen einmaligen Aufwand dar. Zukünftige Projekte und Studien werden davor bewahrt, wiederholend die gleichen Daten in ebenso aufwendigen und zeitintensiven Prozessen aufzuarbeiten. Eine Vergleich- und Reproduzierbarkeit von Projekten wird gewährleistet, sowie die Wiederverwendbarkeit entwickelter Analysemethoden ermöglicht.

Abstract (English)

Background In the field of pharmacovigilance studies, the common analysis of various health databases has gained in importance. Standardizing the data into a common data model ensures syntactic and semantic interoperability, making studies comparable and developed analysis methods reusable. The Observational Medical Outcomes Partnership Common Data Model (OMOP CDM) is a patient-centric, standardized, common data model that provides extensive standardized terminology (CDM vocabulary) which is maintained and developed by the international, interdisciplinary community, the Observational Health Data Sciences and Informatics (OHDSI). The presented master thesis deals with the question of whether Austrian health data can be standardized using the OMOP CDM.

Methods In the context of a pharmaceutical Drug Safety study, which deals with the medication of geriatric persons in the Austrian health care system, it is examined whether all relevant data can be prepared for transformation in OMOP and a general guidance for the data preparation to standardize data sources using the OMOP CDM is derived. Since changes in the collective can occur frequently and require a new data preparation, the study-specific data preparation is optimized through automation.

Results A general guide to the preparation of the CDM vocabulary for the transformation of local data sources into the OMOP CDM was prepared and demonstrated with relevant data from the pharmaceutical Drug Safety Study. The study-specific data preparation could be automated with the program "make" to the extent that in a schema with a single command existing tables are deleted, new are created and cleaned data are integrated.

Conclusion The standardization of Austrian account data using the OMOP CDM is a very time- and resource-intensive process, but is a one-time effort. Future projects and studies will be prevented from repeatedly processing the same data in equally time-consuming and complex processes. A comparability and reproducibility of projects is ensured, as well as the reusability of developed analysis methods.

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